拡大縮小や変形されたパスが崩れる場合、変形ウィンドウの「ピクセルグリッドに整合」のチェックを外すとそのまま縮小されます。

例えば、ここに「R」という文字のパスがあります。
これを10%に縮小したあと、1000%に拡大して元に戻してみると・・・。

(´・ω・`)！
ペジェって縮小しても拡大しても形が変わらないのが利点なのに、なんだか色々とおかしな事になってますね。

この他に、パスの位置を修正する場合も

整列ツールを使ってもキー入力しても直接数値を入力してもどう頑張っても整列してくれない、という事も。

そういう場合は、「変形」の「ピクセルグリッドに整合」のチェックを外すことで解決します。

この「ピクセルグリッドに整合という」機能は、ピクセル単位でパスを描く際に、アプリ側が自動的に調整してくれる機能なのですが、ピクセルでカッチリさせたオブジェクト以外で使用すると、意図しない結果になることがあります。

チェックを外して同じ操作をしてみると

思ったとおりにパスを移動させる事ができました。
上の「R」も、縮小してもそのままの形になります。

この「ピクセルグリッドに整合」機能は、主にWeb用のピクセル単位でカッチリさせた画像を作る場合やピクセル単位で調整したい時などに使用します。
1pxの線が引きたいのにぼやけてしまう・・・という場合や、変形したりするといちいち小数点が入ってしまう、という場合は、この機能をオンにしておくといいです。
パスを描く際に適用されるのではなくて、アピアランスのプロパティのようなものなのでパスを描いた後からでも設定することが可能です。